Seiring perubahan musim dari musim semi ke musim panas, Makoto Yuuki tetap bersama dengan Pasukan Eksekusi Ekstrakurikuler Khusus (SEES). Tim terus mengalahkan Bayangan besar dan kecil, tetapi mereka sekarang berbentrokan dengan musuh baru: Strega, sekelompok pengguna Persona nakal yang ingin mempertahankan Dark Hour untuk keuntungan mereka & mdash; tampaknya Strega mungkin memegang petunjuk pada Jam Gelap itu. sifat sejati.
Sementara SEES menikmati liburan musim panas di Yakushima, mereka bergabung dengan Aegis, sebuah android amnesia yang dirancang untuk menghancurkan Shadows. Meskipun dia membuktikan dirinya sebagai sekutu yang kuat, dia secara tidak sengaja tertarik pada Makoto dan terus-menerus tetap di sisinya. Saat mereka menggali lebih dalam ke misteri Jam Gelap, sifat dari koneksi misterius yang mengikat keduanya secara perlahan diresmikan.
[Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]